Verifique se o arquivo usado para leitura não está travado por outro processo, impossibilitando a leitura do mesmo pelo sistema. Avalie também se a codificação do arquivo está correta.
É interessante depurar e ver se os dados estão sendo lidos. Se você estiver usando a classe FwFileReader para leitura dos dados, pode utilizar o método GetAllLines para visualizar todas as linhas do arquivo em um array.
Qual o objetivo final dos dados lidos? Se for para gravar em tabelas ou alterar campos, avalie o controle de transação. Se está sendo utilizado Begin/End Transaction, certifique-se que não está sendo utilizado um DisarmTransation dentro do código que possa estar excluindo as alterações realizadas. Se está utilizando um MsExecAuto ou um modelo MVC, avalie se os dados estão sendo preenchidos corretamente sem que seja retornados erros.