Eduardo, se voce estiver falando de usar o conteudo do retorno CNAB, precisa olhar o layout de retorno do banco e configurar no sistema.
Sobre ter varios cabecalhos, um arquivo retorno é composto de vários lotes e cada lote tem header e trailler, com os itens dentro de cada secao dessa, por ex. um arquivo de retorno de pagamentos onde foram feitos transferencias, pagamento de concessionarias e boletos viria nesse formato abaixo.
O mais adequado é realmente pegar o layout e ler para entender cada linha e registro.
HEADER ARQUIVO
HEADER LOTE TRANSFERENCIAS
PAGAMENTOS DE TRANSFERENCIAS
TRAILLER LOTE TRANSFERENCIAS
HEADER LOTE CONCESSIONARIAS
PAGAMENTOS DE CONCESSIONARIAS
TRAILLER LOTE CONCESSIONARIAS
HEADER LOTE BOLETOS
PAGAMENTOS DE BOLETOS
TRAILLER LOTE BOLETOS
TRAILLER ARQUIVO