No TDS é possível mantermos uma estrutura de arquivos físicos com nomenclaturas específicas (Codificadas) [exemplo: CUAFAT01, NCACOM01, PE01NFESEFAZ_pe, etc.] dentro do Workspace e ao mesmo tempo, podemos criar links simbólicos, organizados por pastas e assuntos (Recurso do Eclipse).

Seria possível termos esse mesmo tipo de recurso no VsCode?

Seria necessário utilizar o recurso de Link Simbólico do Windows para isso? https://www.todoespacoonline.com/w/2015/04/como-criar-links-simbolicos-no-windows-symlinks/

Haveria uma forma de automatizar a forma citada no link acima?

O objetivo é manter o arquivo físico codificado, porém termos esses fontes organizados por assunto para facilitar compilação, geração de patches e dividir em sub-projetos.