Criar indice direto no banco

Edson,

Só afetaria o Protheus caso o nome seguisse a mesma nomenclatura que o Configurador e o ERP em geral utiliza, que pelo seu exemplo, não está assim, então sem problemas.

É valido ressaltar que esse índice não será aberto na tabela SF2 por padrão, ou seja, você não conseguirá utilizar dele via DBSetOrder, somente abrindo ele de forma manual (isso sim poderia causar algum impacto imprevisto), porém em caso de query, o banco já utilizaria desse índice por conta quando necessário, é uma prática inclusive bem comum criar índices para melhorar a performance de uma consulta SQL.

Obs.: Existem alguns pontos do Protheus que manipulam as tabela, como o UpdDistr e o Configurador, seria bom fazer um teste nesses cenários e verificar se seu índice não será excluído, pois caso seja, você terá de ficar atento para recriar o índice manualmente novamente.