Marcio,
Webservice, como o nome já nos diz, é um serviço web, que pode ser utilizado para diversos fins, como integrações e CRUD em geral.
O REST é um Webservice, logo sua pergunta fica complicada de ser respondida, porém é muito comum as pessoas chamarem o SOAP de Webservice do Protheus, caso seja essa sua dúvida, o SOAP continua existindo, mas o REST acaba sendo muito mais fácil de ser criado e consumido, logo sua popularidade acabou ficando muito mais alta.
Por conta da facilidade da utilização do REST e também sua popularidade de forma geral, não somente no Protheus, para acompanhar o mercado a TOTVS começou a focar mais na utilização de REST, por conta disso hoje a maioria dos serviços que disponibilizamos é REST.
Recomendo sempre a utilização do REST devido a sua facilidade de criação e consumo em aplicações web, como as que criamos em PO UI, já existem diversas ferramentas que permitem criar um serviço no padrão que o PO UI espera com paginação, filtro entre outros aspectos, que permite muita agilidade e praticidade no desenvolvimento.