Tiago,
Seus arquivos XNU devem estar com ID's repetidos no arquivo para opções diferentes do menu.
a TAG "ItemID" não pode estar repetida.
<MenuItem Status="Enable">
<Title lang="pt">Master</Title>
<Title lang="es">Principal</Title>
<Title lang="en">Master</Title>
<Function>CDAA060</Function>
<Type>1</Type>
<Tables>AH1</Tables>
<Tables>AH8</Tables>
<Access>xxxxxxxxxx</Access>
<Module>45</Module>
<Owner>45</Owner>
<ItemID>0000007945</ItemID>
<KeyWord>
<KeyWord lang="pt"> </KeyWord>
<KeyWord lang="es"> </KeyWord>
<KeyWord lang="en"> </KeyWord>
</KeyWord>
</MenuItem>
Recomendo colocar os menus padrões e refazê-los, vai dar trabalho mas na minha opinião é o mais seguro a ser feito, sem contar que com menus antigos você não vai ter as novas funções.
Abraço,