Boa noite,
Os fontes no Protheus devem ficar como windows-1252, pois o AppServer trabalha nesse encode.
No VSCode, procure colocar a seguinte informação no settings.json:
"files.encoding": "windows1252"
Isso fará com que os fontes sejam apresentados de forma correta no VSCode, caso ainda tenha problemas, reabra o fonte no encode windows-1252. Se mesmo reabrindo o fonte já no encode windows-1252 você ainda esteja com problemas de visualização, ocorreu que o fonte foi escrito e salvo em um encode distinto, nesse caso você terá de efetuar a manutenção no fonte.
Já a apresentação dos fontes no github é pela web, você pode ter essa visualização "errada", pois o padrão na web costuma ser UTF-8, porém isso será somente na visualização, trabalhando pelo git (pull, commit, push etc) você verá que não terá problemas, porém nunca tive esse problema ao criar o fonte no encode correto e commitar o mesmo assim, acredito que você esteja com problemas pois alterações foram efetuadas e salvar no encode incorreto, isso já aconteceu comigo, tive de fazer o que já citei, corrigir a acentuação por exemplo já trabalhando no encode windows-1252.
Trabalho dessa forma, temos projetos já no git e não temos qualquer problema.